Theoretisch ja.
Die Pumpe wird per PWM vom Motorsteuergerät angesteuert und die (vermutlich flexible, motorlastabhängige) Regelgröße ist die Ladelufttemperatur.
Könnte also sein, wenn du die Pumpe manuell ansteuerst, dass das Motorsteuergerät einen Fehler feststellt, weil sich die Änderung der Ladelufttemperatur nicht mehr so verhält, wie geplant.
Ob eine individuelle Ansteuerung daher einen Vorteil bringt, glaube ich nicht. Ansonsten hätte VW es schon selbst in der Weise eingerichtet, dass die Pumpe z.B. volle Pulle läuft und daher eine möglichst niedrige Ladelufttemperatur vorhanden ist.